IrkutskMedia, 28 января. Ученые Лимнологического института СО РАН сообщили об обнаружении в планктоне озера Байкал ранее неизвестного мира ДНК-вирусов. В ходе секвенирования были выявлены 47 новых CRESS-подобных геномов, пишет издание СО РАН "Наука в Сибири".
Обнаруженные вирусы относятся к группе CRESS-ДНК-вирусов — небольших вирусов с кольцевой одноцепочечной ДНК, реплицирующихся по принципу "катящегося кольца". Ключевым маркером для их идентификации стал белок Rep, отвечающий за запуск репликации. Именно анализ этого белка позволил установить, что найденные в Байкале геномы не имеют стопроцентных совпадений с известными последовательностями из международных баз данных.
До начала исследования сведения о CRESS-вирусах Байкала были фрагментарными. Ранее их следы фиксировались в метагеномных данных, однако детального анализа не проводилось из-за крайне малого количества — менее 1% от всех вирусных последовательностей в образцах воды. Это и стало причиной углубленного изучения редкой и малоизученной группы.
Исследование проводилось методом метагеномики: ученые отбирали воду, выделяли вирусную фракцию с помощью фильтрации, затем извлекали ДНК и выполняли высокопроизводительное секвенирование. Последующий биоинформатический, филогенетический и сравнительный анализ показал, что байкальские CRESS-вирусы отличаются высоким уровнем новизны и, вероятно, являются частью динамичной популяции с активным обменом генетическими фрагментами. Определенные геномы были включены в международные базы данных, что позволит использовать их в дальнейших исследованиях.
Некоторые из выявленных вирусов продемонстрировали отдаленное сходство с последовательностями, обнаруженными ранее в США, Новой Зеландии и Швеции, однако степень этого сходства в большинстве случаев была низкой. Лишь одна последовательность показала относительное родство с вирусом, ассоциированным с пресноводной мидией из высокогорного озера в Новой Зеландии.
Ученые подчеркивают, что речь не идет о заражении Байкала: обнаруженные вирусы являются естественной частью экосистемы озера. На данный момент не выявлено признаков того, что эти CRESS-вирусы способны заражать человека. Сравнительный анализ не показал сходства с вирусами, опасными для людей, а предполагаемыми хозяевами могут быть водные беспозвоночные или рыбы.
По мнению исследователей, изучение уникальных вирусных сообществ Байкала важно для понимания эволюции вирусов и механизмов генетического обмена. Работа носит пилотный характер, и в дальнейшем ученые планируют расширить географию отбора проб и продолжить исследование этой группы вирусов.
Ранее строительство двух научно-исследовательских кораблей для Лимнологического института СО РАН включили в перспективный план строительства гражданских судов России до 2035 года. Первое судно планируют сдать уже в 2028 году, второе — должно быть построено до 2030 года. Созданием научно-исследовательских судов займутся АО "Центр судоремонта "Звёздочка" и ООО "Ливадийский ремонтно-судостроительный завод".